七岁的玛雅（金井美香 配音）非常调皮，这让玛雅的妈妈（麻上洋子 配音）感到十分头痛，于是，她找到了村里有名的魔法师，向他讨教良方。魔法师给了玛雅的妈妈一本名为《拇指姑娘》的故事书，在给玛雅念这本书时，玛雅的妈妈睡着了，玛雅也因此变成了拇指大小，进入了书中的世界。
在这里，玛雅遇见了名为席拉（宗形智子 配音）的善良仙女，席拉告诉玛雅，在南国住着一位水晶王子，只有他才能唤醒玛雅的妈妈，使玛雅回到原来的世界。就这样，玛雅踏上了前往南国的旅途。途中，玛雅遇见了小精灵布尔（山田恭子 配音），两人结伴而行，随后，青蛙盖洛达也加入了玛雅的队伍中去，对他们时时阻挠的，是一个名叫赫鲁拉（麻上洋子 配音）的邪恶魔鬼。
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